專項資金是支持某項特定基礎設施建設和社會公共事業(yè)發(fā)展、履行特定公共職能具有專項用途的財政資金，大都有“三多一廣二強”的特點：即層次多、渠道多、種類多、分布廣和政策性強、專業(yè)性強。因此，在專項資金審計中要查深審透應掌握以下方法。

審計人員在審計調查中要注重收集各種資料，對被審單位、資金、項目進行全面了解：一是收集被審單位人事、工作職責等文件資料，摸清被審計單位的機構性質、組織結構、業(yè)務職責、各個科室的職能以及人員結構，通過對被審單位重要事權、財權的在內部分配的分析，查清此次審計所涉及的關鍵科室和人員。二是收集政策文件、上級主管部門和國家投資部門下達的投資計劃，經批準的建設項目設計任務書等有關文件資料、專項資金項目的立項背景和運作方式、申報批復和驗收程序、協(xié)議和合同等，了解其專業(yè)性和其行業(yè)特殊性；三是向資金管理部門了解資金管理和分配、使用狀況。對收集的資料和專業(yè)概念進行學習與理解，圍繞審計目標，合理確定審計范圍和重點。

緊扣政策是審計人員在監(jiān)督執(zhí)法過程中的安全帶，防范審計風險的安全網(wǎng)，審計監(jiān)督強有力的支點。審計人員以國家制定的法律法規(guī)、政策為依據(jù)，依法依規(guī)進行審計。首先要把思想和行動統(tǒng)一到國家的決策部署上來，切實增強政治責任感和歷史使命感，明確審計工作的重要意義和應該履行的職責。其次要認真學習國家的法律、法規(guī)、政策以及中央部委、地方人民政府和主管部門在法定權限范圍內制定的各項規(guī)章制度和政策，深入研究政策出臺的背景，深刻領會政策實施的意圖，及時掌握政策要求，結合所審計地區(qū)的經濟社會發(fā)展實際和部門特點，把握審計重點審深審透。

審計人員在現(xiàn)場審計過程中不能僅僅局限于賬本審計，應拓寬視野深入現(xiàn)場，提高專項資金項目審查的深度。項目本身的專業(yè)性較強，審計人員視野越寬對其業(yè)務內容掌握就越深入，查找問題發(fā)現(xiàn)案件線索的幫助也越大。如林業(yè)項目，審計人員需要了解樹苗的栽種時間、地點、方法、存活率、不同樹種對地質條件的要求、樹苗在不同時段成長的狀態(tài)等等；又如土地整理項目，審計人員需要了解土方工程的測量，渠閘涵橋的結構構造和施工工藝，村級農田道路的施工要求等等。很多項目都具有實物形態(tài)，深入現(xiàn)場調查時，審計人員的視野和所掌握業(yè)務知識能幫助發(fā)現(xiàn)案件線索，在被審計單位弄虛作假欲蒙混過關時，能火眼金睛一眼識別。

充分運用計算機技術和審計信息化手段，對財務數(shù)據(jù)、業(yè)務數(shù)據(jù)進行分析，查找疑點，提高專項資金審計工作質量和效率。在專項資金審計中。審計人員搜集各部門各單位的各種數(shù)據(jù)，依據(jù)國家的政策法規(guī)，將跨部門的數(shù)據(jù)進行比對分析，發(fā)現(xiàn)疑點和問題。以對享受政策人員身份的“準入門檻”進行審查為例，如對領取財政補貼人員的戶籍狀況進行審核，在農家樂資金審計中，以身份證號為關鍵字段，將農家樂資金發(fā)放表與公安系統(tǒng)的戶籍信息進行分析比對，查找出非農戶口的人員享受了政策補貼的問題；如對享受政策的人員經濟狀況進行審核，在保障性安居工程審計中，采集居民公積金數(shù)據(jù)、居民車輛信息、稅務納稅信息等與保障性住房房產信息進行比對篩選，查出擁有公積金賬戶、擁有車輛或擁有納稅行為等不合住房條件的戶主違規(guī)享受國家保障性住房政策的問題。

內查主要查三個方面：一查項目預算。審計專項資金的分配方案有無利用權職向利益關系方傾斜；審查預算安排是否合理；實施與計劃、預算是否相符等。二查財務資料。主要是查資金撥付、貨幣資金日記賬、往來科目的核算、項目支出原始單據(jù)、銀行賬戶與銀行對賬單是否相符、項目往來資金在相關單位賬面反映的金額和事項是否一致等。三查業(yè)務資料。查業(yè)務資料是否在凃改痕跡，查印章、筆跡是否真實，立項、開工、完工時間是否符合要求，資料之間有無重大漏洞。

外調主要包括詢問、觀察、追蹤等：一是調查詢問。找相關人員，包括單位內部，也包括外部有業(yè)務往來的人員進行詢問，詢問過程中，要虛虛實實，要察顏觀色，要合理控制詢問范圍。二是現(xiàn)場觀察。深入實施現(xiàn)場察看，核實項目的真實程度，認定實物是否存在、數(shù)量是否相符、核定建設期間和建設地點等。三是線索追蹤。資金追蹤。通過對資金運動軌跡的跟蹤，選擇重點資金、有疑點資金的來龍去脈追查到底，資金運行到哪里，就追查核實到哪里；部門追蹤。對有行政隸屬關系的、對有業(yè)務關聯(lián)的、有資金分配關系的和項目審批的部門和單位進行延伸，以及對享受財政資金補助的私營企業(yè)、民營單位進行延伸；時間追蹤。專項資金的時效性強，從時間的差異和矛盾中發(fā)現(xiàn)問題線索，找到調查的突破口；人脈追蹤。對人脈關系的深入挖掘，尋找證據(jù)，多方取證相互印證，分析原因查找真相。